В пределах Рифтовой долины очень интересны разнообразные озёра, которые окружены Национальными парками и заповедниками.
У подножия горы Лонгонот, на высоте 1880 м, лежит озеро Найваша, в районе которого обитает более 340 видов птиц и большая популяция бегемотов. В центре озера находится остров Кресент, где гнездится редчайший африканский орёл. Южное побережье озера Найваша - отличное место для отдыха. Здесь расположены многочисленные кемпинги и отели.
На берегах пресноводного озера Баринго проживает более 400 видов птиц, также оно известно богатой ихтиофауной. В центре него расположен остров с проживающими здесь африканскими племенами, где вы сможете познакомиться с их культурой.
Озеро Накуру интересно тем, что здесь селится одна из самых многочисленных в мире популяций розовых фламинго, и своим питомником носорогов. Недалеко от него расположено озеро Богория, которое называют самым красивым озером Африки. В окрестностях озера можно посетить горячие источники.
Озеро Рудольф (Туркана) считается одним из самых солёных водоёмов в мире. Оно было внесено ЮНЕСКО в список Мирового наследия. Озеро популярно среди любителей рыбалки, ведь в нём водятся нильские окуни и множество других видов рыб. Туристам будет интересно и озеро Магади, на берегах которого водятся фламинго и десятки видов животных.
На юго-западе страны расположена часть озера Виктория. Виктория - самое большое озеро Африканского континента и второе по величине пресноводное озеро на Земле. Площадь его - 68 тысяч кв. км. Кения вместе с Танзанией и Угандой делит озеро Виктория на 3 части. Кении принадлежит самая малая из этих частей площадью 3785 кв. км.